韦巨源，（631年－710年7月22日），京兆万年人，唐朝宰相，北周大司空韦孝宽玄孙。
韦巨源出身京兆韦氏郧公房，何时进入仕途不详，武则天年间历任司宾少卿、文昌左丞，后转任文昌右丞，并在任上加授同凤阁鸾台平章事，成为宰相。长寿三年（694年），转任夏官侍郎，保留同平章事头衔。延载元年（695年）受内史李昭德牵连被外放为鄜州刺史。不久又被召回，历任地官尚书、纳言、神都留守等职。长安二年（702年），转任刑部尚书。
唐中宗李显复辟后，韦巨源任工部尚书，受封同安县子，七月，升任吏部尚书，又加授同中书门下三品，再次成为宰相。并进爵郇县伯。之后因从祖兄韦安石拜相，为避嫌而转任礼部尚书。次年二月，由刑部尚书任上加授同中书门下三品，第三次成为宰相，进爵舒国公。韦巨源自此成为韦皇后党羽之一。
景龙元年（707年），升任侍中、中书令，当时韦后擅权，天象屡屡示警。韦巨源却缄默不言，四处传播妖言，并劝韦后效法武则天。之后又进拜尚书左仆射。中宗李显暴崩之后，韦后被杀，韦巨源家人闻讯劝其避难，韦巨源不从，出门之后被乱军杀害。时年八十岁。睿宗李旦即位后赠特进、荆州大都督，谥曰昭。
